89 éve hirdettek tervpályázatot a Széchenyi téri belvárosi templom megújítására. A tervek csak egy része maradt fent a Pécsi Egyházmegyei Levéltárban. Tornyot, kilátót, és egy 42 egységből álló harangjátékot is terveztek, de ezek végül nem készültek el.
Az utolsó nagy átalakítás 1939-ben vette kezdetét Körmendy Nándor tervei alapján, amelyet többször módosítottak és egyszerűsítettek. Lebontották a barokk tornyot és a lépcsősort, helyére félkör alakú északnyugati toldást építettek egy új Angster-orgonával. A új rész falaira Gebauer Ernő készített freskókat. A kupolát 1958-ban firenzei típusú félgömbbé alakították át, amely az eredeti török állapotokhoz is jobban hasonlít.
„A félhold felett ragyogó kereszt minden időkben hangos figyelmeztetés lesz arra, hogy a pogány gondolat felett diadalmaskodni tudott a krisztusi életszemlélet és ezt kell a lényegnek látnunk akkor, amikor a hit, a vallásos nevelés és a művészet vitájában állást kell foglalnunk” – írta 1939-ben a Dunántúl napilap.
A tervpályázat nyertese Körmendy Nándor pályaműve lett, ezt az eredetihez képest eléggé leegyszerűsítették. A helyi sajtó Így mutatta be a terveket:
„A mai templomból csupán a kupola alatti teret hagyja meg, amit kb. 3 m széles körfolyosóval vesz körül, ez liturgikus szempontból nem szerencsés. A templom hossztengelyére merőleges irányban egy-egy kápolnát létesít. Szentélyének kialakítása körüljáró folyosós elrendezésű. Bővítése térnyerés szempontjából minimális. A kupola megoldása műemléki szempontból kifogástalan. Két minarettjével finommá teszi az épület külső megjelenését, azonban a minarettes megoldás nem felel meg egy keresztény templom jellegének. Az egész tervezet művészi és festői megjelenésű munka. Feljárójának megoldása impozáns, tömegelosztása jól sikerült. Kifogás merült fel az egyik alternatívában tervezett harangjáték elhelyezése és építészeti megoldása, valamint a ráhelyezett közismert motívumú szoborcsoport ellen.”
Végül egy majdnem eredeti török templom maradt. A kupola, az alatta levő nyolcszögű dob, az ezt tartó négyszögű fal, a szamárhátíves ablakok, a szenteltvíztartónak használt két kézmosó, a dob és a falak találkozásánál kialakított sztalaktitok, és a déli fal közepén a Mekka felé irányuló imafülke (Mihrab). Ugyancsak eredeti a falon elmosódottan látható Korán-idézet. A korábbi barokkosított templom legszebb ékessége a rokokó főoltár és a szószék ma a Lyceum-templomban van.
A templom 1939-es bővítése alkalmat nyújtott a barokk toldalékok megszüntetésére, és az eredeti török jelleg kiemelésére. A bővítés tudatosan arra törekedett, hogy a régi és az új rész világosan elkülönüljön egymástól, és az új rész ne tompítsa az eredeti török alkotást, inkább kiemelve azt.
A többi, a levéltárban fellelhető pályamű mindegyike meghagyta volna a templom török jellegét, úgy, hogy a minaret helyére harangtornyot terveztek, ami kilátóként is funkcionált volna.
